La Filosofía del Museo de La Salle está enmarcada en los principios de la tradición lasallista, la democratización del conocimiento, la apropiación por parte de la sociedad de la ciencia y la tecnología, y el aporte al desarrollo integral sustentable.

El Museo de La Salle es un agente de cambio social y desarrollo, un museo de historia natural inspirado en los principios del Código Profesional Deontología del ICOM y promotor de los valores asociados al valor de la diversidad biológica y cultural de los colombianos y de todos los lasallistas, convirtiéndose en un escenario donde el encuentro de saberes y el ejercicio interdisciplinario se convierten en la dinámica propia de su accionar.

Como Centro de estudios en diversidad biológica y cultural el museo tiene como objetivo fomentar la investigación sobre el patrimonio que custodia y reflexionar sobre su quehacer pedagógico y museológico, como guardián de patrimonios conserva y preserva sus colecciones y genera ventanas interpretativas en un ambiente de deleite y goce.

Como Centro cultural y de apropiación social de conocimiento promueve actividades que generan identidad y reconocimiento de nuestra diversidad, fomentando el espíritu de fraternidad tan característico de la filosofía Lasallista permitiendo la participación y construcción colectivas memoria e inspiración, encuentro entre la ciencia y el arte, desde esta perspectiva el museo contribuye a la reconfiguración de identidades haciendo memoria de la tradición lasallista.