La colección de plantas se deposita en el Herbario que tiene su reconocimiento en el Index Herbariorum internacional con el acrónimo BOG y tiene el reconocimiento del Instituto Alexander von Humboldt bajo el registro 187 y los datos se encuentran en el Registro Nacional de Colecciones Biológicas (RNC). Tienen 14.886 registros que se reparten en las colecciones de algas, hongos, líquenes, musgos, helechos y las plantas superiores que constituyen el grupo más numeroso con aproximadamente 10.000 ejemplares que representan a 212 familias y se destacan por su mayor número, Asteraceae, Poaceae, Melastomataceae y el grupo de las leguminosas.